Ditetapkannya Undang-undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah merupakan awal dimulainya era Otonomi Daerah, dimana pembinaan dan pengembangan di bidang industri, perdagangan dan koperasi di Provinsi Sulawesi Tengah diintegrasikan antara Instansi Kantor Wilayah Departemen Perindustrian dan Kantor Wilayah Departemen Perdagangan menjadi Dinas Perindustrian, Perdagangan dan KoperasiDaerah Provinsi Sulawesi Tengah yang ditetapkan berdasarkan Peraturaan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 02 Tahun 2001 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Provinsi Sulawesi Tengah. Pada saat itu, Dinas Perindustrian, Perdagangan dan Koperasi dipimpin oleh seorang Kepala Dinas yang dibantu oleh seorang Wakil Kepala Dinas berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur melalui Sekretariat Daerah.

Terbitnya Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah sebagai pengganti Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 yang mengalami perubahan beberapa kali, melalui Undang-undang Nomor 12 Tahun 2008 sebagai perubahan kedua dari Undang-undang Nomor 32 Tahun 2004 dan terbitnya Peraturan Pemerintah Nomor 41 tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, maka nomenklatur Dinas Perindustrian, Perdagangan dan Koperasi Daerah Provinsi Sulawesi Tengah diganti menjadi Dinas Koperasi, UMKM, Perindustrian dan Perdagangan Provinsi Sulawesi Tengah yang ditetapkan berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 6 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas - Dinas Daerah Provinsi Sulawesi Tengah. Pada saat itu KUM Perindag, dipimpin oleh seorang Kepala Dinas dan dibantu oleh seorang Sekretaris Dinas; 5 (lima) Bidang (Bidang Koperasi, Bidang Usaha Mikro Kecil dan Menengah (UMKM), Bidang Industri, Bidang Perdagangan dan Bidang Mentrologi), Unit Pelaksana Teknis Dinas dan Kelompok Jabatan Fungsional.

Dalam rangka sinkronisasi nomenklatur Dinas sejalan dengan perubahan nomenklatur Kementerian Terkait, serta peningkatan fungsi suatu Dinas ke dalam dinas tersendiri perlu dilakukan agar tercapai optimalisasi pelaksanaan tugas perangkat daerah dalam mewujudkan tujuan pembangunan di daerah serta guna tertib penataan kelembagaan perangkat daerah lainnya sebagaimana yang diamanatkan dalam Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah, maka Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 6 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas - Dinas Daerah Provinsi Sulawesi Tengahdi ubah menjadi Peraturan Daerah Nomor 09 Tahun 2012 tentang Perubahan Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 6 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas - Dinas Daerah Provinsi Sulawesi Tengah. Seiring dengan perubahan tersebut Bidang Kemetrologian dihapus dan diubah statusnya menjadi UPT. Kemetrologian yang di pimpin oleh seorang kepala UPT yang bertanggung jawab kepada Kepala Dinas Koperasi, UMKM, Perindustrian dan Perdagangan Provinsi Sulawesi Tengah.

Sejalan dengan pelaksanaan Undang-Undang No. 23 tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah dan sesuai dengan kebutuhan dan perkembangan, maka Dinas Koperasi Usaha Mikro Kecil Menengah Perindustrian dan Perdagangan Daerah Propinsi Sulawesi Tengah telah terbagi menjadi dua Dinas di Lingkungan Pemerintah Daerah Propinsi Sulawesi Tengah yaitu : Dinas Koperasi dan UMKM Daerah Propinsi Sulawesi Tengah dan Dinas Perindustrian dan Perdagangan Daerah Propinsi Sulawesi Tengah. Pemisahan dua SKPD ini berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 11 Tahun 2014 tentang Perubahan Kedua Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 06 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas-Dinas Daerah Propinsi Sulawesi Tengah. Sedangkan kewenangan Dinas Perindustrian dan Perdangangan Daerah Provinsi Sulawesi diatur berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 20 Tahun 2015 tentang Uraian Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Perindustrian dan Perdagangan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah.

Sesuai dengan Pasal 20 B Peraturan Daerah Nomor 11 Tahun 2014 tentang Perubahan Kedua Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 06 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas-Dinas Daerah Propinsi Sulawesi Tengah di sebutkan bahwa Susunan Organisasi Dinas Perindustrian dan Perdagangan Daerah Propinsi Sulawesi Tengah terdiri atas seorang Kepala Dinas, dibantu oleh seorang Sekretaris Dinas, terdiri atas 4 (empat) Bidang (Bidang Industri Agro, Kimia, Telematika, dan Elektronika, Bidang Industri Hasil Hutan, Kerajinan Logam, Mesin dan Aneka, Bidang Perdagangan Dalam Negeri, dan Bidang Perdagangan Luar Negeri) 2 (dua) Unit Pelaksana Teknis (UPT Pengujian dan Sertifikasi Mutu Barang dan UPT Metrologi) dan Kelompok Jabatan Fungsional.

Sejalan dengan perkembangan sistem pemerintahan daerah di Indonesia dan memenuhi tuntutan masyarakat akan kebutuhan pelayanan oleh pemerintah daerah serta sebagai penjabaran dari Undang – Undang 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah, terbitlah Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah yang mensyaratkan berdirinya organisasi perangkat daerah berdasarkan 3 (tiga) tipe (tipe A, tipe B dan tipe C), maka keberadaan Dinas Perindustrian dan Perdagangan Provinsi Sulawesi Tengah ditetapkan berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 08 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi dengan tipe A. Peraturan Daerah ini telah merubah struktur organisasi dan tupoksi Dinas Perindustrian dan Perdagangan Provinsi Sulawesi Tengah terkait dengan urusan Kemetrologian Legal yang telah dialihkan menjadi kewenangan Kabupaten/ Kota.

Berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah Nomor 08 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Provinsi, struktur organisasi Dinas Perindustrian dan Perdagangan Provinsi Sulawesi Tengahdipimpin oleh seorang Kepala Dinas dan dibantu oleh seorang Sekretaris Dinas; 4 (empat) Bidang (Perdagangan Dalam Negeri, Perdagangan Luar Negeri, Pembinaan dan Pengembangan Industri, dan Fasilitasi Informasi Industri); Kelompok Jabatan Fungsional dan 2 (dua) Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD. Pengujian dan Sertifikasi Mutu Barang dan UPTD. Pengembangan Industri Produk Pangan dan Kerajinan). Sedangkan kewenangan Dinas Perindustrian dan Perdangangan Daerah Provinsi Sulawesi diatur berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 80 Tahun 2016 tentang Uraian Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Dinas Perindustrian dan Perdagangan Daerah Provinsi Sulawesi Tengah.